En la ronda de grupos, Necaxa compartió sector con Zacatepec y con Murciélagos en donde disputó cuatro encuentros, de los cuales obtuvo dos victorias, un empate y una derrota que la sufrió ante Zacatepec como visitante. Necaxa calificó como uno de los mejores segundos lugares de grupo tras sumar 7 puntos, dos detrás de Zacatepec.
En la ronda de eliminación directa, el equipo de Necaxa logró meterse en quinto lugar de todos los clasificados a los octavos de final, donde se midieron a los rojinegros del Atlas en el Estadio Victoria. Martín Barragán y Luis Pérez lograron imponerse por dos goles a uno para calificar a los cuartos de final.
La siguiente etapa fue para chocar ante los Pumas, en el partido más emocionante para los Rayos, pues con un hombre menos y perdiendo el encuentro lograron darle la vuelta al marcador y llevarse el partido 2-1 de C.U. gracias a los goles de Matías Fernández y de Luis Pérez que anotó por segundo partido consecutivo.
Necaxa volvió a su estadio para encarar la semifinal de la Copa ante uno de los rivales que más se le complica al equipo de Ambriz. Los Santos visitaron el Victoria y en un duelo bastante parejo los de casa se lograron imponer de último minuto con un gol en el descuento de Víctor Dávila que le dio el pase a la final al equipo. Previamente habían anotado Martín Barragán y Gerardo Alcoba para el empate parcial.